В сентябре климат в Жанакоргане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 26 градусов тепла. В среднем в сентябре в Жанакоргане 30 ясных дней. В сентябре, а также в апреле Жанакорган cчитается местом, комфортным для посещения.