В сентябре климат в Ытык-Кюёле можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ытык-Кюёле 9 дождливых, 8 ясных, 8 с переменной облачностью и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные.