В сентябре климат в Усть-Янском национальном наслеге можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Янском национальном наслеге 10 пасмурных, 9 с переменной облачностью, 6 ясных, 4 дождливых и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые.