В сентябре климат в Усть-Ваеньге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Ваеньге 17 дождливых, 10 пасмурных, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Усть-Ваеньга cчитается местом, некомфортным для посещения.