Сентябрь в Среднеколымске — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Среднеколымске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Среднеколымске 14 пасмурных, 7 с переменной облачностью, 6 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно слабые.