В сентябре климат в Северомуйске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 6 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северомуйске 7 дождливых, 7 пасмурных, 7 с переменной облачностью, 6 ясных и 3 дня со снегом. Дожди преимущественно сильные.