В июне климат в Северомуйске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 15 градусов тепла. В среднем в июне в Северомуйске 17 дождливых, 6 ясных, 5 с переменной облачностью и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и июле Северомуйск cчитается местом, некомфортным для посещения.