Сентябрь в Северобайкальске — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Северобайкальске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Северобайкальске 13 дождливых, 8 с переменной облачностью, 5 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, ноябре и декабре Северобайкальск cчитается местом, некомфортным для посещения.