В сентябре климат в Сан Исидро де Эль Дженерал можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан Исидро де Эль Дженерал 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Сан Исидро де Эль Дженерал cчитается местом, некомфортным для посещения.