В сентябре климат в Сан Фернандо де Апуре можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан Фернандо де Апуре 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Сан Фернандо де Апуре cчитается местом, некомфортным для посещения.