В сентябре климат в Сан-Кристобаль можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Кристобаль 23 дождливых, 4 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Сан-Кристобаль cчитается местом, некомфортным для посещения.