В сентябре климат в Пущино можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пущино 13 пасмурных, 9 дождливых, 5 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.