Сентябрь в Пуэрто-Наталес — самый солнечный месяц в году. В сентябре климат в Пуэрто-Наталес можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Наталес 11 дождливых, 9 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 4 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Пуэрто-Наталес cчитается местом, некомфортным для посещения.