Сентябрь в Пуэрто Айора — самый ветреный, пасмурный и холодный месяц в году. В сентябре климат в Пуэрто Айора можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто Айора 20 дней с переменной облачностью, 5 ясных и 5 пасмурных дней. В сентябре, а также в июне, июле, августе и октябре Пуэрто Айора cчитается местом, комфортным для посещения.