В сентябре климат в Пестово можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пестово 13 дождливых, 7 пасмурных, 6 с переменной облачностью и 4 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные.