В сентябре климат в Пекалонгане можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пекалонгане 18 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 3 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в июле и августе Пекалонган cчитается местом, комфортным для посещения.