В июне климат в Нунукане можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 28 градусов тепла. В среднем в июне в Нунукане 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Нунукан cчитается местом, некомфортным для посещения.