В сентябре климат в Нижнетобольном можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нижнетобольном 10 дождливых, 10 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 4 ясных дня. Дожди преимущественно слабые.