В сентябре климат в Нелгомозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нелгомозеро 11 дождливых, 11 пасмурных, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.