В сентябре климат в Междуреченске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Междуреченске 12 дождливых, 10 ясных и 8 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.