В сентябре климат в Медвежьегорске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Медвежьегорске 13 дождливых, 10 пасмурных, 4 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.