Июнь в Маргилане — самый ветреный месяц в году. В июне климат в Маргилане можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 35 градусов тепла. В среднем в июне в Маргилане 16 ясных, 8 с переменной облачностью, 5 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в январе, феврале и декабре Маргилан cчитается местом, некомфортным для посещения.