В июне климат в Манисалесе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Манисалесе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Манисалес cчитается местом, некомфортным для посещения.