В сентябре климат в Манадо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Манадо 20 дождливых, 6 с переменной облачностью, 3 ясных и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Манадо cчитается местом, некомфортным для посещения.