В сентябре климат в Малом Зеленчуке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малом Зеленчуке 19 ясных, 7 дождливых и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в августе Малый Зеленчук cчитается местом, комфортным для посещения.