В сентябре климат в Лаптево можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Лаптево 9 пасмурных, 8 дождливых, 7 с переменной облачностью и 6 ясных дней. Дожди преимущественно слабые.