В сентябре климат в Лагосе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Лагосе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в марте, мае, июне и июле Лагос cчитается местом, некомфортным для посещения.