В сентябре климат в Кубачах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кубачах 17 дождливых, 7 с переменной облачностью и 6 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Кубачи cчитается местом, некомфортным для посещения.