В сентябре климат в Кижах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кижах 15 пасмурных, 8 дождливых, 4 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.