В сентябре климат в Кайнаре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Кайнаре 17 ясных, 8 с переменной облачностью и 5 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае Кайнар cчитается местом, комфортным для посещения.