Июнь в Хатидзедзиме — самый дождливый и пасмурный месяц в году. В июне климат в Хатидзедзиме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Хатидзедзиме 22 дождливых, 6 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и октябре Хатидзёдзима cчитается местом, некомфортным для посещения.