В сентябре климат в Гангтоке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Гангтоке 29 дождливых и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Гангток cчитается местом, некомфортным для посещения.