В сентябре климат во Фленсбурге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре во Фленсбурге 13 дождливых, 8 с переменной облачностью, 5 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные.