В июне климат во Фленсбурге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 17 градусов тепла. В среднем в июне во Фленсбурге 14 дождливых, 9 ясных и 7 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.