В сентябре климат во Флеккефьорде можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре во Флеккефьорде 17 дождливых, 7 ясных, 5 пасмурных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Флеккефьорд cчитается местом, некомфортным для посещения.