В сентябре климат в Эннискиллене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эннискиллене 15 дождливых, 7 пасмурных, 6 с переменной облачностью и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Эннискиллен cчитается местом, некомфортным для посещения.