В июне климат в Куэнке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 16 градусов тепла. В среднем в июне в Куэнке 29 дождливых и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Куэнка cчитается местом, некомфортным для посещения.