В сентябре климат в Чолпон-Ате можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Чолпон-Ате 21 дождливый, 4 с переменной облачностью, 3 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Чолпон-Ата cчитается местом, некомфортным для посещения.