Июнь в Чолпон-Ате — самый ветреный и пасмурный месяц в году. В июне климат в Чолпон-Ате можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 10 градусов тепла. В среднем в июне в Чолпон-Ате 25 дождливых, 4 с переменной облачностью и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Чолпон-Ата cчитается местом, некомфортным для посещения.