В сентябре климат в Эль Калафате можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Эль Калафате 17 дней с переменной облачностью, 6 дождливых, 4 ясных и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Эль Калафате cчитается местом, некомфортным для посещения.