В сентябре климат в Богучанах можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Богучанах 12 дождливых, 8 с переменной облачностью, 6 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Богучаны cчитается местом, некомфортным для посещения.