В сентябре климат в Бильбао можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Бильбао 12 дождливых, 9 ясных и 9 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.