В сентябре климат в Байонне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Байонне 12 дождливых, 9 ясных, 8 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные.