В сентябре климат в Балтийске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре в Балтийске 12 дождливых, 10 ясных, 7 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.