В июне климат в Баликпапане можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Баликпапане 18 дождливых, 7 ясных, 4 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Баликпапан cчитается местом, некомфортным для посещения.