В июне климат в Баксане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Баксане 15 ясных, 13 дождливых и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.