В сентябре климат в Амгуни можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Амгуни 11 ясных, 10 дождливых, 8 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные.