В сентябре климат в Заполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Заполярном 13 дождливых, 9 пасмурных, 5 с переменной облачностью и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Заполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.