В сентябре климат в Заполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Заполярном 15 пасмурных, 12 дождливых, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Заполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.