В сентябре климат в Верхнезейске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнезейске 9 дождливых, 9 ясных, 9 с переменной облачностью и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.