В сентябре климат в Ванаваре можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ванаваре 15 пасмурных, 10 дождливых, 4 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Ванавара cчитается местом, некомфортным для посещения.